6月13日訊 2024年第104屆天皇杯第二輪全部戰罷，經過第一輪淘汰賽后，共有64支球隊參加第二輪淘汰賽，而本輪比賽出現了不少冷門。

J聯賽領頭羊町田澤維亞與筑波大學在120分鐘內戰成1-1，最終點球大戰2-4不敵對手；亞冠亞軍橫濱水手與J3球隊FC岐阜在120分鐘內戰成2-2，最終點球大戰5-4驚險過關；J聯賽強隊名古屋虎鯨更是主場0-1不敵日本足球學院。

本輪天皇杯，也出現了一些實力懸殊的大比分比賽，比如廣島三箭11-2狂掃下關鯨魚 ???，福岡黃蜂8-0大勝福山城等。